Here's what Uhlenbrok has to say about it:

Programmierung der Märklindecoder 2004 mit der Intellibox


Problem:
Die Märklin Lokdecoder ab dem Jahr 2004 lassen sich nicht mit der Intellibox in den Programmiermodus versetzen

Hinweis:
Der Motorola-Alt Umschaltbefehl kommt nicht zur richtigen Zeit.

Lösung:


An der Intellibox die Sonderoptionen 25 auf 0 und 907 auf 1 setzen (Werkseinstellung).
(Vorherige Werte der Sonderoptionen bitte notieren und nach der Programmierung wieder zurücksetzen.)


Dann mit folgender Vorgehensweise den Decoder programmieren:



Setzen Sie die Lok auf das Programmiergleis.

Drücken Sie an der IB die [stop]- und [go]-Tasten gleichzeitig (reset).

Rufen Sie die Lokadresse oder die Adresse 80 auf.

Stellen Sie diese auf das Datenformat "Motorola alt".

Nun rufen Sie den Programmiermodus an der IB auf (nacheinander die Tasten [mode] und [4] betätigen).

Jetzt die [menu]-Taste betätigen (das Umschalten eines Relais ist deutlich zu hören).

Drücken Sie mit einer Hand den Fahrreglerknopf (Fahrtrichtungsumkehr) und halten diesen gedrückt. Nun mit der anderen Hand wieder die [menu]-Taste betätigen. Der Decoder geht in den Programmiermodus (Beleuchtung blinkt).

Nun, wie in der Bedienungsanleitung des Decoders beschrieben, den Decoder programmieren.
[lok#], [1], [Enter], Fahrreglerknopf drücken (Beleuchtung blinkt doppelt),
jetzt die neue Adresse eingeben (z.B. Adresse 5),
[lok#], [5], [Enter], Fahrreglerknopf drücken (Beleuchtung leuchtet etwa 1 Sekunde und blinkt dann wieder).

[stop]- und dann [go]-Taste betätigen und der Decoder hat die neue Adresse.